扎如寺属“本波”教，历史上属“奔卡拉康”。“奔卡拉康”由本教创始人希饶弥沃且的骨系、希升贡灿旺登后裔章松尼玛塔朵活佛约在公元900年创建。后经西藏曼日一位堪布指点，在公元1573年，由21世奔卡旦增建参活佛把“奔卡拉康”迁移到扎如沟的宝镜岩下，地名叫“然悟陶”，同时给寺院赐法名叫“然悟贡巴扎西彭措岭”。历经22世奔卡郎达赤忠、23世奔卡旦增龙珠、24世奔卡泽旺龙珠、25世奔卡登巴达基、26世奔卡龙珠旺杰、27世奔卡登增旺杰等世系活佛继承。到28世奔卡仁青建参和29世奔卡尤中次珠活佛继承时，已筹集了大量的资金，对寺院逐步进行了大规模的改建和扩建，曾派增人到青海、西藏等佛教圣地取经学习，采购装饰物、金顶、金幢、金宝轮、护法兽、末尼宝、净水宝瓶、金刚杵、***、唐卡等各种法器，以及佛像、经书等，寺院已形成较大的规模。到50年代，寺院占地面积为15200平方米蒇10350方米，寺院拥有大小经堂多座，囊钦奔卡仓和盘兴仓两座，茶房、库房、客房、藏经房各一座，增房六十余座。重要法器、文物有“能叙大仁估让胸”及“自生金菩萨”、“自生金塔”、“舍利骨”等；另有金顶、金轮、金塔、金幢金法兽等，佛祖塑像大小一百多个，有千佛菩萨、壁画、唐卡、蟒筒、铜号、唢呐、净水壶、末尼宝、金刚杵、鼓、锣 、钵、铜灯具等。有佛经“甘珠尔”等经书三百多卷；大小经轮五百多个，佛事活动和神舞中使用的各种法器法具近70件，整个财产上亿元。有僧侣129人，“杜旦”5人，活佛2人（三十世奔卡桑吉次忠和盘兴泽觉），信教村寨四十多个，信教群众六千余人。每年举行6次佛事活动，即：“良美都钦”、“久根钦”、“麻芝助钦”、“郎介冬确”、“顾朵”和“依当格朵”。解放后民族地区土地改革时，党和国家对寺院采取了保留并加以保护的政策。1956年，阿坝州藏区发生反动上层的叛乱，将南坪白河藏区寺院的房屋和主要文物法器破坏，剩余的房屋和财产在十年浩劫中作为“四旧”切底毁灭。1970年，在“农业学大寨”中推倒残墙开垦为农田，并改造成果木圆。